Le 4 décembre 1642, le cardinal de Richelieu décède, faisant perdre à Claire Clémence son principal appui. Lorsque le testament est ouvert, la jeune fille apprend qu’elle et son frère aîné n’héritent de rien, tandis que ses autres neveux et nièces sont richement pourvus. Les Maillé-Brézé contestent alors le testament devant le Parlement qui leur donne raison : la duchesse d’Aiguillon se voit contrainte de restituer 400.000 livres, ce qui la brouille avec sa jeune cousine. Au sein de la famille des Condé, il est désormais question de l’éventuel renvoi de Claire Clémence et d’un projet de mariage entre le duc d’Enghien et Marthe du Vigean. Alors que la jeune fille craint de voir son union annulée, elle se découvre enceinte.  Le 14 mai, le roi Louis XIII décède. Le 19 du même mois, le duc d’Enghien remporte une grande victoire à la bataille de Rocroi et comme une brillante carrière militaire. Le 29 juillet, Claire Clémence met au monde un fils, prénommé Henri-Jules et titré duc d’Albret. Cette naissance vient renforcer sa position au sein d’une famille où elle n’est pas désirée. Quant à Marthe de Vigean, elle finit par prendre le voile au Carmélites à Paris, en 1645. Cela n’empêcha nullement le duc d’Enghien de courtiser l’une de ses cousines, Isabelle Angélique de Montmorency-Bouteville, épouse du duc de Châtillon. Le 11 mai 1646, la princesse de Condé perd son frère, Jules Armand de Maillé, tué en mer à l’âge de 27 ans. Le 26 décembre, c’est le prince de Condé qui décède. Avec la disparition de son beau-père, Claire Clémence perd son dernier soutien. Son époux est désormais le chef de la Maison des Condé sous le nom de Louis II et  prend le titre de « Monsieur de Prince » tandis qu’elle même devient « Madame la Princesse ». Sous la Fronde, les Condé se divisent : au grand dam de leur mère, Mme de Longueville et le prince de Conti (frère cadet de Louis II), passent du côté des Frondeurs. En 1649, contrairement à la promesse de la reine, le duché de Normandie est refusé à Louis II. Le prince de Condé, qui espérait ce titre en récompense de ses services rendues à la couronne, part alors en guerre contre le cardinal de Mazarin. Le 18 janvier 1650, l’époux de Claire Clémence est arrêté avec son frère Conti et son beau-frère, le duc de Longueville.  La princesse de Condé et sa belle-mère sont exilées à Chantilly où Charlotte de Montmorency ne cesse d’écrire à la reine pour défendre ses fils tandis que Claire Clémence se consacre à l’éducation de son enfant. Dans le même temps, la princesse de Condé perd son père, qui décède le 13 février. Claire Clémence n’a désormais plus d’autre famille que celle de son époux. Afin de le faire libérer, elle parvient à fuir Chantilly pour Montrond, forteresse appartenant à Louis II. De là, la princesse rassemble ses partisans et soulève toute la noblesse de province. Tenant tête à la reine et à Mazarin, Claire Clémence s’illustre par sa bravoure et son courage, allant jusqu’à se présenter devant le Parlement pour exposer sa requête : la libération de son mari. Devant les protestations générales en faveur de la libération des princes, le cardinal Mazarin n’a d’autre choix que de les relâcher et de quitter Paris en 1651. Le Parlement innocente les princes et Claire Clémence se soumet à sa souveraine, qui lui pardonne son comportement rebelle

Louis II de Bourbon-Condé par Robert Nanteuil (1662)
 

Si le prince de Condé rend tout d’abord grâce à son épouse pour tous les efforts qu’elle a fournis pour le faire libérer et pour ces marques d’affections, il ne tarde pas à prendre ombrage des actions de Claire Clémence et du courage qu’elle a montré. Au sein du couple, une tension s’installe d’autant que Louis II décide, à peine libéré, de prendre la tête de la « Fronde des princes » maintenant que Louis XIV a atteint sa majorité (l’âge de 13 ans). Claire Clémence ne comprend pas l’acharnement de son mari qui lui ordonne de ne pas intervenir, les femmes n’ayant pas à se mêler de politique. C’est bien vite oublier tout ce que son épouse a fait pour lui. C’est dans ce climat pesant que la princesse de Condé met au monde un second fils le 20 septembre 1652 : Louis, duc de Bourbon. Malheureusement, le petit prince s’éteindra en avril 1653. Cette année-là, le prince de Condé s’engage au service de l’Espagne. Trahissant une nouvelle fois la France, il se réfugie en Flandres avec Claire Clémence et le petit duc d’Enghien. Le 12 novembre 1656, la princesse de Condé met au monde une fille, Mlle de Bourbon. Avec la paix des Pyrénées signée entre l’Espagne et la France en novembre 1659, les Condé peuvent réapparaître de nouveau à la cour, après s’être soumis au roi qui  pardonne les actions faites contre la France. Louis II recouvre ainsi  l’ensemble de ses privilèges et de ses possessions. Cependant, son mépris pour son épouse est toujours aussi vif et le prince semble avoir totalement occulté les marques d’amour et de dévouement que Claire Clémence lui a montré par le passé. Le prince de Condé se sent toujours victime d’un mariage humiliant et le faire ressentir à sa femme qu’il ignore. En septembre 1660, Claire Clémence perd sa fille qui n’avait pas reçu de prénom. Elle trouve du réconfort auprès de la nouvelle reine, Marie-Thérèse d’Autriche, qu’elle accompagne dans ses dévotions. En décembre 1663, le duc d’Enghien, qui a alors 20 ans,  épouse  la princesse Anne de Bavière. Claire Clémence n’a pas été consulté dans le choix de la future femme de son fils et aurait préféré une union avec Elisabeth Marguerite d’Orléans, fille de Monsieur, ce qui aurait rapproché les Condé et les Orléans. Néanmoins, Claire Clémence accueille chaleureusement sa bru, une jeune fille de 15 ans pieuse et effacée.

 
Madame la Princesse de Condé, par Charles Beaubrun

En 1671, alors que les époux s’évitent le plus possible, Claire Clémence est accidentellement blessée à l’arme blanche dans sa chambre, par l’un de ses valets, Nicolas Duval. Dès qu’il apprend la nouvelle, Louis II accuse son épouse d’adultère, Duval n’ayant rien à faire dans la chambre de sa femme ! On prétend alors que la blessure à l’arme blanche,  a pu être la conséquence d’une querelle amoureuse ! Malgré le fait que Claire Clémence nie avoir été infidèle à son mari, le prince de Condé obtient du roi qu’elle  soit enfermée à Châteauroux à cause du scandale provoqué et des moqueries que cela engendrait à son égard. A mesure que le temps passe, le prince avance que cette détention doit être maintenue à cause de la folie dont est victime son épouse. En effet sa mère, Nicole du Plessis, souffrait de troubles d’esprit incurables (conséquences, disait-on, des infidélités de son époux). Le cardinal de Richelieu aurait lui-même été en proie à de rares crises nerveuses. Nicole du Plessis était d’ailleurs morte au cours d’une crise de démence. Sans doute cette tare répugnait-elle le prince de Condé d’autant qu’il apparût bientôt que leur fils Henri Jules en avait hérité. Le 11 décembre 1686, Louis II de Bourbon-Condé décède. Pour respecter les vœux de son père, le duc d’Enghien, nouveau prince de Condé, maintient sa mère enfermée. Claire Clémence n’apprendra jamais la mort de son époux. Elle s’éteint à Châteauroux le 16 avril 1694 à l’âge de 66 ans, après vingt-quatre années de détention. Déjà oubliée de la cour, la princesse n’aura pas droit à une oraison funèbre. Elle sera inhumée dans la chapelle Saint-Sébastien après avoir connue un destin semblable à celui de sa mère.